Після закінчення у 1962 р. навчання в аспірантурі Київського інституту народного господарства та захисту дисертації на здобуття наукового ступеня кандидата наук, працював в Міністерстві вищої та середньої спеціальної освіти УРСР, викладав у Київському інституті народного господарства. У 1966-1969 рр. обіймав посаду завідувача кафедри політичної економії Київського інституту цивільної авіації.
У 1970 р. Ю.М. Пахомов захистив докторську дисертацію, звання професора отримав у 1973 р. У 1979 р. Ю.М. Пахомова обрано членом-кореспондентом, а у 1988 р. - академіком НАН України.
У 1970-1976 рр. Ю.М. Пахомов очолював відділ, а у 1979-1980 рр. працював заступником директора Інституту економіки АН УРСР.У 1976-1979 рр. Ю.М. Пахомов завідував кафедрою, а у 1980-1987 рр. був ректором Київського інституту народного господарства. У цей час він також очолював Комісію Мінвузу СРСР по реформуванню вищої економічної освіти (м. Москва). У 1987-1993 рр. працював директором Інституту соціології НАН України та академіком-секретарем Відділення економіки НАН України (1988-1993). З 1992 р. академік Ю.М. Пахомов очолює Інститут світової економіки та міжнародних відносин НАН України. В ІСЕМВ заснував та очолив відділ, що займається дослідженням глобальних проблем сучасної цивілізації.
Академік Ю.М. Пахомов є засновником ряду наукових шкіл та напрямів у галузі економіки, соціології, глобалістики, які визнані науковими колами в Україні та за її межами. Ю.М. Пахомовим зроблено вагомий внесок у визначення метаісторичних принципів аналізу. Він є автором теорій порівняльного соцекогенезу, конкурентної міжцивілізаційної регуляції, моделі економіки конкурентного типу, збудованої на базі ринкової трансформації центрально-керованого господарства, основи якої сформулював ще наприкінці 70-х років, концепції типології світових ринкових моделей та її використання в процесах реформування економіки України.
Академік Ю.М. Пахомов є автором понад 350 наукових праць, зокрема 32 монографій.
Під керівництвом Ю.М. Пахомова захищено 18 докторських та понад 50 кандидатських дисертацій. Наукову роботу він поєднує з активною викладацькою діяльністю у вищих навчальних закладах.
Академік Ю.М. Пахомов є також активним громадським діячем: був членом Держекономради Кабінету Міністрів України, радником Президента України, радником Прем'єр-міністра України, президентом Академії підприємництва і менеджменту, дійсним членом Академій економічних наук та екології.
Біографічні дані академіка Ю.М. Пахомова включено до міжнародних довідників. Ю.М.Пахомов - лауреат Державної премії України в галузі науки і техніки (2002), премії НАН України імені М.І. Туган-Барановського (2000), Заслужений працівник вищої освіти України (1989).
Має державні нагороди: ордени "Дружби народів" (1988), "Знак пошани" (1982), орден "За заслуги" III ст. (1998).
